Das Verfahren nutzt eine Miniatur-Ultraschallsonde am Ende eines speziellen Endoskops.
Während der Untersuchung können auch Gewebeproben aus dem Magen-Darm-Trakt und den benachbarten Organen und Strukturen entnommen werden. So können manchmal auch weitere Untersuchungen und nicht selten Krankenhausaufenthalte umgangen werden.
Die Endosonografie wird u. a. bei bestimmten Fragestellungen angewendet, die zum Beispiel die Bauchspeicheldrüse betreffen. Auch für den Enddarm steht eine spezielle Untersuchungsmethode, die rektale Endosonografie, zur Verfügung. Damit können z. B. Fisteln, Abszesse und Tumoren weiter abgeklärt werden. Aus der Eindringtiefe eines Tumors ergibt sich so unmittelbar die geeignete weitere Behandlung, die sich heute immer genauer an dem tatsächlichen Ausmaß des Tumors orientiert.
Die Untersuchung, die ähnlich wie eine Magenspiegelung abläuft, ist schmerzfrei und dauert ca. 15 Minuten.