Es dauert häufig sehr lange vom ersten Auftreten der Beschwerden, bis zur Diagnose einer chronisch entzündlichen Darmerkrankung. Bei den Leitsymptomen wie Durchfall, Bauchschmerzen oder auch bei den extraintestinalen Manifestationen der CED können die folgenden diagnostischen Schritte sinnvoll sein:

• Anamnese (das ärztliche Gespräch)
• die körperliche Untersuchung
• Laboruntersuchungen
• Ultraschalluntersuchungen
• Proktoskopie
• Darmspiegelung (Koloskopie) mit Gewebeproben
• Magenspiegelung
• MRT-Sellink (Kernspintomographie des Dünndarms)
• selten Röntgenuntersuchungen
• Endosonographie

Die Diagnose wird dabei selten durch eine der genannten Untzersuhcungen allein, sondern meist in der zusammenfassenden Bewertung der erhobenen Befunde in einer Schwerpunktpraxis gestellt.